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Govocitos, un software para estimar la fecundidad de los peces de forma automática

IPac. - 22 de octubre de 2015

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Han sido muchos años de trabajo los que han dado como resultado una nueva tecnología, innovadora, rápida y precisa para calcular el potencial reproductivo de los peces: el software Govocitos. Era el año 2008 cuando se dio inicio al proyecto “Desarrollo e implementación de nuevas tecnologías y protocolos en el estudio de la ecología reproductiva pesquera”, financiado por la Xunta de Galicia, coordinado por Rosario Domínguez Petit y desarrollado por  el Grupo de Ecología Pesquera del IIM (CSIC, Vigo), en colaboración con el Laboratorio de Informática Aplicada (Univ. Vigo) y el Centro Singular de Investigación en Tecnologías de la Información (Univ. Santiago de Compostela). Pero no ha sido hasta ahora cuando, tras desarrollar un sistema descargable, que incluye una máquina virtual con las bases de datos necesarias para que Govocitos fuera operacional, ha entrado en una nueva fase con su acceso libre y gratuito para sus potenciales usuarios.

 ‘Govocitos’, explica Rosario Domínguez Petit, “es una herramienta fácil de manejar y eficaz para automatizar las estimaciones de la fecundidad en peces que funciona a partir de imágenes histológicas digitales de ovarios de peces”. El programa, añade, “analiza la imagen y detecta, clasifica, cuantifica, y mide automáticamente los ovocitos por estado de desarrollo, ofreciendo, además, una estimación de la fecundidad de la especie basada en el método estereológico, que puede ser exportada a una base de datos centralizada o a una hoja de cálculo”.

El software, señalan desde el CISC, trabaja en dos etapas: una no supervisada, en la que el usuario solo abre la imagen y espera el resultado automático del análisis, y otra supervisada, en la que el usuario corrige manualmente los errores que detecte. Y por el momento, explican las mismas fuentes, se ha probado en los laboratorios del IIM-CSIC, “donde se ha obtenido un diagnóstico del estado de maduración y de la actividad de puesta de cuatro especies, dos de ellas de interés para la flota pesquera gallega: faneca, merluza europea, pargo rayado y linterna oscura”.

“El uso de Govocitos -destaca Domíngez Petit- agiliza mucho el proceso, reduciendo el tiempo de procesado de cada imagen y mejorando los resultados, ya que da la opción de trabajar con todos los píxeles de la imagen, en lugar de con una rejilla de puntos espaciados como el método estereológico tradicional.” Hemos constatado, añade, “que, frente al software comercial genérico, no requiere un entrenamiento avanzado específico. Además los experimentos son repetibles y replicables, ya que toda la información se guarda en la base de datos. Y se puede trabajar en línea, lo que permite compartir imágenes y resultados entre diferentes investigadores”.

En la actualidad, el grupo de Ecología Pesquera utiliza Govocitos en su rutina de laboratorio, y sigue trabajando con los investigadores del Centro Singular de Investigación en Tecnologías de la Información de la USC para mejorar los índices de clasificación. En concreto, se está estudiando el uso de clasificadores ordinales que utilizan una secuencia continua conocida y preestablecida, como es el desarrollo de los ovocitos, para establecer las probabilidades de que un ovocito esté en un estado u otro de madurez. “Con este método hemos alcanzado un 95% de éxito en la clasificación automática de estados de madurez de los ovocitos y esperamos poder incorporarlo a Govocitos en breve”, avanza  Rosario Domínguez.

El software Govocitos se dirige fundamentalmente a investigadores de biología marina, pero se podría adaptar a las necesidades específicas de otros sectores. Así, entre sus potenciales usuarios se encuentran tanto los centros de investigación como los hospitales, la administración o la industria.

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